Diabetes mellitus merupakan salah satu gangguan metabolisme endokrin yang telah menyebabkan morbiditas dan mortalitas di seluruh dunia. Diperlukan inhibitor enzim α-glukosidase yang berperan penting dalam metabolisme karbohidrat untuk menghindari hiperglikemia postprandial. Peptida bioaktif yang berasal dari protein kedelai dipilih sebagai alternatif pengobatan diabetes karena potensi terapeutiknya. Terdapat beberapa peptida bioaktif yang telah terbukti dapat menghambat enzim α-glukosidase, seperti peptida bioaktif LLPLPVLK, SWLRL, dan WLRL. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mengevaluasi interaksi molekuler yang terjadi antara molekul peptida bioaktif dengan makromolekul enzim α-glukosidase menggunakan motode penambatan molekuler berbasis protein-peptida secara in silico. Sekuensing peptida bioaktif terlebih dahulu dimodelkan dengan menggunakan perangkat lunak PEP-FOLD. Konformasi terbaik dipilih untuk dilakukan studi interaksi terhadap makromolekul enzim α-glukosidase dengan menggunakan perangkat lunak HPEPDock. Eksplorasi lebih lanjut dilakukan terhadap interaksi molekuler yang terbentuk dengan menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio 2020. Berdasarkan hasil dari penambatan molekuler, peptida bioaktif WLRL memiliki afinitas yang paling baik terhadap enzim α-glukosidase, yaitu dengan nilai energi bebas ikatan −748,12 kJ/mol. Dengan demikian, peptida bioaktif tersebut diprediksi dapat digunakan sebagai kandidat inhibitor enzim α-glukosidase.